Javier García Alegría ha basado su liderazgo en distintas líneas de trabajo como colaborar con otras especialidades médicas y quirúrgicas y especialmente con Atención Primaria, ofrecer consultas específicas de diabetes y riesgo cadiovascular, infecciones e infección por el virus de la inmunodeficiencia humana, enfermedades del tiroides y enfermedades sistémicas-autoinmunes y también, trabaja en colaboración con la Asociación Española Contra el Cáncer (AECC) en la unidad de cuidados paliativos domiciliarios.
Asimismo, desarrolla actividades conjuntas, con una consultoría, en los centros de salud de Albarizas, en Marbella, y de Las Lagunas, en Mijas.
Las líneas de investigación más importantes dirigidas desde su área han sido: calidad asistencial y evaluación de resultados clínicos, la infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), otras enfermedades infec-ciosas, la insuficiencia cardiaca, el riesgo vascular y la hipertensión arterial.
Actualmente desarrolla un programa de innovación de teleasistencia sanitaria con Telefónica I+D (Proyecto SARA) para la atención domiciliaria de enfermos con insuficiencia cardiaca y en cuidados paliativos.